Als antwoord op de Witte Mars besluit het Belgische parlement op 17 oktober 1996 een eigen onderzoek in te stellen naar de affaire-Dutroux. De commissie moet nagaan hoe politie en justitie te werk zijn gegaan "in de zaak Dutroux-Nihoul en consorten". De commissie, die in totaal zestien leden telde uit alle politieke partijen, werd geleid door de Vlaamse liberaal Marc Verwilghen. 

De leden: Gerolf Annemans (Vlaams Blok), Vincent Decroly (Ecolo), Patrick Dewael (VLD), Claude Eerdekens (PS), Jacqueline Herzet (PRL), Renaat  Landuyt (SP), Olivier Maingain (PRL-FDF), Patrick Moriau (PS), Serge Moureaux (PS), Tony Van Parys (CVP), Trees Pieters (CVP), Nathalie De T'Serclaus (PSC), Dany Vandenbossche (SP), Jo Vandeurzen (CVP), Marc Verwilghen (VLD) en de niet-stemgerechtigde Geert Bourgeois (VU). 

De commissie publiceert op basis van uitgebreid onderzoek en openbare verhoren twee rapporten. De onderzoeken schetsen een onthutsend beeld van de Belgische politie, justitie en de rechterlijke macht. 

Het Dutroux-onderzoek blijkt een aaneenschakeling van blunders en dwalingen. Oorzaak, behalve het gestuntel van enkele individuen: de inefficiënte structuur van het strafrechtsysteem, dat de vele politie- en justitiediensten in het land ertoe aanmoedigt om elkaar tegen te werken.

Vaststellingen 
Het eerste rapport, dat in het voorjaar van 1997 door het parlement wordt goedgekeurd, is vooral een feitenoverzicht. Het geeft een samenvatting van de tekortkomingen van politie, justitie en de rechterlijke macht. 

De commissie stelt onder meer vast dat de gerechtelijke politie van Brussel slecht heeft gefunctioneerd. Veel informatie is niet in processen-verbaal opgenomen. Een aantal sporen, die mogelijk tot een doorbraak in de zaak hadden kunnen leiden, is niet of onvoldoende nagetrokken. 

Ook stelt de commissie vast dat de communicatie tussen de verschillende politiediensten (gemeentelijke politie, gerechtelijke politie en rijkswacht) en de rechterlijke macht stroef verliep. Daarnaast zijn er aanwijzingen dat een aantal verdachten bescherming heeft genoten van hogerhand, al hebben de onderzoekers daar geen harde bewijzen voor weten te vinden.

Consensus 
De concept-versie van het rapport wordt op aandrang van een aantal commissieleden aangepast. Elke partij had wel een aantal mensen van wie ze de naam liever niet in het eindverslag zag komen. Verwilghen was ontgoocheld over die wending en vertelde op televisie dat het ‘partijpolitieke monster’ de kop had opgestoken. Hij voegde eraan toe dat hij op het punt stond om de handdoek in de ring te gooien. 

Dat dreigement was voldoende, want geen enkele partij wilde de oorzaak zijn van de mislukking van de commissie. Er vormde zich een consensus rond het eindverslag: sommige conclusies en aanbevelingen werden vertaald in een soort 'Wetstratees' (de Wetstraat in Brussel is dé politieke straat van België), waardoor verschillende interpretaties mogelijk bleven.

Regeringscrisis 
Het uiteindelijke rapport noemt maar één politicus met naam en toenaam. Het gaat om ex-justitieminister Wathelet, de man die Marc Dutroux in 1992 vervroegd uit de gevangenis had ontslagen. Het lot wil dat de regering al kort na de publicatie van het rapport moet beslissen over een voorstel tot verlenging van zijn mandaat als Europees rechter. 

De PSC, de partij van Wathelet, ligt dwars en speelt alles of niets. Als de coalitiepartijen de verlenging van Wathelets mandaat niet slikken, dreigen de Waalse christen-democraten met een regeringscrisis. Vooral aan Franstalige kant volgen de socialisten al een tijdje met argusogen het charme-offensief van de Waalse liberalen (PRL) naar de christen-democraten, en zij vrezen een coalitiewissel zonder verkiezingen. 

CVP en SP slikken de pil, Wathelet blijft overeind, premier Dehaene mag het regeringsstandpunt gaan uitleggen aan parlement en bevolking. Na de conclusies van het eerste rapport blijft Wathelet dus buiten schot, wat leidt tot veel onbegrip en woede bij de bevolking.

Vage baan
Ook commissaris-generaal van de gerechtelijke politie De Vroom krijgt er in het rapport van de parlementaire commissie van langs. Hem wordt verweten dat hij geen enkele controle heeft over de organisatie van zijn dienst. Minister De Clerck van Justitie vraagt een doorlichting van de gerechtelijke politie. Ook die is vernietigend voor het beleid van De Vroom. Na een gesprek met De Clerck gaat De Vroom akkoord met overplaatsing. Hij krijgt een vage baan met behoud van graad en loon op de centrale diensten van Justitie. 

Na overleg met zijn advocaten kant De Vroom zich echter tegen overplaatsing en start een spoedprocedure bij de Raad van State. Hij haalt zijn gelijk. De Raad oordeelt dat de De Clerck onzorgvuldig heeft gehandeld. De Vroom zit al gauw weer op zijn stoel. Wathelet en De Vroom zijn de meest in het oog springende voorbeelden van mensen die geweigerd hebben individuele verantwoordelijkheid te dragen voor fouten uit het verleden.

Tweede rapport
Het tweede rapport, dat op 16 februari 1998 verschijnt, wil een verklaring geven voor de 'disfunctioneringen'. Ook worden er aanbevelingen gedaan voor de toekomst. 

Termen als 'normvervaging', 'corruptief gedrag' en 'indirecte bescherming' zijn schering en inslag. Het rapport stelt onder meer dat de Rijkswacht te veel op eigen houtje heeft gehandeld en dat de politie zich geregeld inliet met onderzoek zonder dat de rechter daar toestemming voor had gegeven. 

In het tweede rapport is, in tegenstelling tot het eerste, ook uitgebreid aandacht voor autozwendel. Volgens de commissie heeft de onderwereld in Charleroi zelfs drie politiediensten en delen van het gerecht in zijn greep. Dat verdachten mogelijk van hogerhand bescherming genoten, is niet door de parlementaire onderzoekscommissie bewezen.

In tegenstelling tot het eerste rapport wordt bij het tweede rapport geen unanimiteit bereikt. Het wordt met vier onthoudingen goedgekeurd. Na het tweede rapport smeekt voorzitter Verwilghen bijna om een geste, een signaal uit de politieke wereld dat het hun menens is, dat het klimaat van straffeloosheid een halt wordt toegeroepen. 

Maar de commissievoorzitter krijgt het verwijt dat hij uit zijn rol valt en praat als oppositieleider. Geert Bourgeois van de Volksunie (VU) trekt uit de affaire-Wathelet zijn conclusies en stapt op eigen initiatief uit de commissie. Zijn vertrek is een noodkreet, maar hij kondigt het aan op een persconferentie van zijn partij. Ook de VU wil dus een deel van het ‘witte’ gevoel politiek verzilveren. 

Gevolgen commissie
De Commissie-Dutroux-Nihoul doet ook een aantal aanbevelingen om de politiediensten te hervormen. Zowel de politie als de rechterlijke macht wordt onder toezicht geplaatst van twee onafhankelijke instanties, waaronder de Anticorruptiedienst. Dit moet voorkomen dat de diensten in de toekomst weer in de fout gaan. Het college van Procureurs-Generaal, de top van het Openbare Ministerie, krijgt bovendien meer bevoegdheden om het strafrechtelijk beleid aan te sturen. 

Ook neemt het parlement begin maart 1998 een wetsvoorstel aan dat de slachtoffers meer rechten moet geven. Zo mogen ze onder meer dossiers inkijken en het initiatief nemen voor aanvullende onderzoeken. Ook wil Justitie meer gaan doen met de opvang van slachtoffers. Van de beloofde maatregelen zijn echter nog steeds niet alle gerealiseerd.